Re: DNA-tutkimukset Saaran asunnolla
Lähetetty: Ke Huhti 17, 2019 3:44 am
...Tottakai elätät mahdollisuutta jotta ne voisi olla jtnmuuta kuin siitiöitä. Tämä ei ole mahdollista.
Suomen johtava rikosaiheinen portaali
https://murha.info/rikosfoorumi/
En tiedä mikä on popin äidinkieli, mutta suomeksi sperma tarkoittaa siemennestettä. Englanniksi "sperm" on siittiö, joten se saattaa sekoittaa popin käsitystä.pop kirjoitti:Sperma ei ole=siemenneste.
Nicht schuldig kirjoitti: Mielestäni tässä on ongelma siinä, että nämä näytteet olisi täytynyt saada tietyssä ajassa sieltä Saaran asunnolta. Ne olisi täytynyt mielestäni saada sen "kantajan" mukana laboratorioon. Nojatuoli olisi täytynyt ottaa mukaan sinne laboratorio-olosuhteisiin.
Nicht schuldig kirjoitti: Kukaan ei siis sano, että vain esim. elävistä siittiösoluista voidaan saada dna:ta, koska siittiösolu kuolee muutamien minuuttien aikana ilmassa. Ongelma vain on se, että näin se yleensä on. Sen takia seksuaalirikoksissa täytyy toimia hyvin nopeasti, eli käytännössä mieluiten muutamien tuntien aikana. Maksimaalisesti puhutaan 5 vuorokaudesta.
Niinpä, tätähän tässä juuri ollaan oltu tekemässä. Aarnion siittiösolua on yritetty yhdistää Saaran asunnossa olleeseen sohvaan. Pelkkä dna ei olisi riittänyt, koska Aarnion dna:ta olisi voinut olla asunnossa siitä syystä, että hän oli käynyt siellä asunnossa - mutta virkatehtävissä oman ja eräiden todistajien kertomuksen mukaan.teppo kirjoitti:Nicht schuldig kirjoitti: Mielestäni tässä on ongelma siinä, että nämä näytteet olisi täytynyt saada tietyssä ajassa sieltä Saaran asunnolta. Ne olisi täytynyt mielestäni saada sen "kantajan" mukana laboratorioon. Nojatuoli olisi täytynyt ottaa mukaan sinne laboratorio-olosuhteisiin.
MIelipiteesi on irrallinen eikä saa tukea ylle kopsaamastasi.
Nicht schuldig kirjoitti: Kukaan ei siis sano, että vain esim. elävistä siittiösoluista voidaan saada dna:ta, koska siittiösolu kuolee muutamien minuuttien aikana ilmassa. Ongelma vain on se, että näin se yleensä on. Sen takia seksuaalirikoksissa täytyy toimia hyvin nopeasti, eli käytännössä mieluiten muutamien tuntien aikana. Maksimaalisesti puhutaan 5 vuorokaudesta.
Siittiösolun kuoleminen ei yllä lainaamasikaan perusteella ole mikään ongelma. Se on edelleen tunnistettavissa juuri siittiöksi ja siitä saadaan DNA. Seksuaalirikostutkinnassa, jota tämä (sanottakoon edes se Aarnion kunniaksi) ei ole, nopeus on oleellista siksi, että tarkoitus ei ole vain löytää henkilöstä peräisin olevia eritteitä vaan tutkia, ovatko ne päätyneet, mihin ovatkaan, seksuaalirikosta osoittavalla tavalla.
Kieltämättä luottamukseni KRP:n rikoslaboratorioon on kokenut kolauksen Anneli Auerin tapausta seuratessa. Onko niin, ettei kyseisen laboratorion tuloksia tarkasta/valvo mikään taho?Nicht schuldig kirjoitti:Aarnion siittiösolua on yritetty yhdistää Saaran asunnossa olleeseen sohvaan. Pelkkä dna ei olisi riittänyt, koska Aarnion dna:ta olisi voinut olla asunnossa siitä syystä, että hän oli käynyt siellä asunnossa - mutta virkatehtävissä oman ja eräiden todistajien kertomuksen mukaan.
Hyvä huomio. Ensimmäisellä kierroksella siittiötä/siittiöitä ei siis löydetty, mutta toisella kierroksella näytteessä olisi ollut juurikin Aarnion siittiö/siittiöitä? Ja niiden DNA-rakenne oli kunnossa?
Se mitä olen koko ajan sanonut on se, että jos se rakenne on koossa, niin silloin siitä voidaan saada dna:ta esim. vaikka sitten syljestä. Mutta onhan se hurja ero, jos se "rakenne" on siellä näytteessä laboratorio olosuhteissa tietyssä lämpötilassa, koskemattomana ja ilman mahdollisuutta joutua veden kanssa tekemisiin kerran kuivuttuaan. Kuin sitten jonkun nahkanojatuolissa "piilossa" jossakin nojatuolin saumassa tunkeutuneena.
Epäilet siis, ettei siittiön DNA-rakenne säilyisi yli kolmea vuotta kunnossa Saaran nahkakalusteissa? Väitettiinkö koko DNA-rakenteen tulleen löydetyksi, vai oliko kyse mtDNA:n jostain sekvenssistä, niinkuin Jack the Ripper tapauksen kuuluisassa huivissa?
Mielestäni on jopa kummallista sekin, että sen rakenne voisi säilyä esim. löytymisvaiheessa, kun se "märkä ja pehmeä" sieltä sinne piilopaikkaan yltää, jos siis ylipäätään siittiösolu oli näin vanha?
Nyt putosin kärryiltä. Mikä on tämä "märkä ja pehmeä"?
Tuo on loukkaava väite. Ei Aarniota ole epäilty eikä syytetty mistään seksuaalirikoksesta.Nicht schuldig kirjoitti:Niinpä, tätähän tässä juuri ollaan oltu tekemässä. Aarnion siittiösolua on yritetty yhdistää Saaran asunnossa olleeseen sohvaan. Pelkkä dna ei olisi riittänyt, koska Aarnion dna:ta olisi voinut olla asunnossa siitä syystä, että hän oli käynyt siellä asunnossa - mutta virkatehtävissä oman ja eräiden todistajien kertomuksen mukaan.teppo kirjoitti:Nicht schuldig kirjoitti: Mielestäni tässä on ongelma siinä, että nämä näytteet olisi täytynyt saada tietyssä ajassa sieltä Saaran asunnolta. Ne olisi täytynyt mielestäni saada sen "kantajan" mukana laboratorioon. Nojatuoli olisi täytynyt ottaa mukaan sinne laboratorio-olosuhteisiin.
MIelipiteesi on irrallinen eikä saa tukea ylle kopsaamastasi.
Nicht schuldig kirjoitti: Kukaan ei siis sano, että vain esim. elävistä siittiösoluista voidaan saada dna:ta, koska siittiösolu kuolee muutamien minuuttien aikana ilmassa. Ongelma vain on se, että näin se yleensä on. Sen takia seksuaalirikoksissa täytyy toimia hyvin nopeasti, eli käytännössä mieluiten muutamien tuntien aikana. Maksimaalisesti puhutaan 5 vuorokaudesta.
Siittiösolun kuoleminen ei yllä lainaamasikaan perusteella ole mikään ongelma. Se on edelleen tunnistettavissa juuri siittiöksi ja siitä saadaan DNA. Seksuaalirikostutkinnassa, jota tämä (sanottakoon edes se Aarnion kunniaksi) ei ole, nopeus on oleellista siksi, että tarkoitus ei ole vain löytää henkilöstä peräisin olevia eritteitä vaan tutkia, ovatko ne päätyneet, mihin ovatkaan, seksuaalirikosta osoittavalla tavalla.
Voihan lillukanvarsi. Ei kukaan ole sellaista väittänyt.teppo kirjoitti:Tuo on loukkaava väite. Ei Aarniota ole epäilty eikä syytetty mistään seksuaalirikoksesta.
Tällä "märkä ja pehmeä" viittasin pikku tarinaani viimeisestä siittiösolusta. Siinä siittiösolu on piiloutunut todella hyvin ja sitten tulee sen viimeinen päivä. Laboratoriosta joku on tullut etsimään sitä, nyt mukana on pumpulipuikko ja se kostutetaan puhdistettuun veteen. Samalla piilopaikka esim. nojatuolin karmi avataan sormella ja sitten sinne työnnetään tämä kostutettu tuppo ja tämä on imeytysnäyte laboratoriota varten.Susku London kirjoitti:Vastaan värifontilla...
Nicht schuldig kirjoitti:Aarnion siittiösolua on yritetty yhdistää Saaran asunnossa olleeseen sohvaan. Pelkkä dna ei olisi riittänyt, koska Aarnion dna:ta olisi voinut olla asunnossa siitä syystä, että hän oli käynyt siellä asunnossa - mutta virkatehtävissä oman ja eräiden todistajien kertomuksen mukaan.
Hyvä huomio. Ensimmäisellä kierroksella siittiötä/siittiöitä ei siis löydetty, mutta toisella kierroksella näytteessä olisi ollut juurikin Aarnion siittiö/siittiöitä? Ja niiden DNA-rakenne oli kunnossa?
Se mitä olen koko ajan sanonut on se, että jos se rakenne on koossa, niin silloin siitä voidaan saada dna:ta esim. vaikka sitten syljestä. Mutta onhan se hurja ero, jos se "rakenne" on siellä näytteessä laboratorio olosuhteissa tietyssä lämpötilassa, koskemattomana ja ilman mahdollisuutta joutua veden kanssa tekemisiin kerran kuivuttuaan. Kuin sitten jonkun nahkanojatuolissa "piilossa" jossakin nojatuolin saumassa tunkeutuneena.
Epäilet siis, ettei siittiön DNA-rakenne säilyisi yli kolmea vuotta kunnossa Saaran nahkakalusteissa? Väitettiinkö koko DNA-rakenteen tulleen löydetyksi, vai oliko kyse mtDNA:n jostain sekvenssistä, niinkuin Jack the Ripper tapauksen kuuluisassa huivissa?
Mielestäni on jopa kummallista sekin, että sen rakenne voisi säilyä esim. löytymisvaiheessa, kun se "märkä ja pehmeä" sieltä sinne piilopaikkaan yltää, jos siis ylipäätään siittiösolu oli näin vanha?
Nyt putosin kärryiltä. Mikä on tämä "märkä ja pehmeä"?
Jos NS ei seksuaalirikostutkintaan viitanneeseen virkeeseeni vastatessaan "Niinpä, tätähän tässä juuri ollaan oltu tekemässä" viitannut samaan, niin mihin sitten?Susku London kirjoitti:Voihan lillukanvarsi. Ei kukaan ole sellaista väittänyt.teppo kirjoitti:Tuo on loukkaava väite. Ei Aarniota ole epäilty eikä syytetty mistään seksuaalirikoksesta.
Kirjoitit:
"tarkoitus ei ole vain löytää henkilöstä peräisin olevia eritteitä vaan tutkia, ovatko ne päätyneet, mihin ovatkaan, seksuaalirikosta osoittavalla tavalla."
NS vastasi:
"Niinpä, tätähän tässä juuri ollaan oltu tekemässä. Aarnion siittiösolua on yritetty yhdistää Saaran asunnossa olleeseen sohvaan. Pelkkä dna ei olisi riittänyt, koska Aarnion dna:ta olisi voinut olla asunnossa siitä syystä, että hän oli käynyt siellä asunnossa - mutta virkatehtävissä oman ja eräiden todistajien kertomuksen mukaan."
Vain Sinä viittasit seksuaalirikoksiin, ei NS.
Epäilen myös sitä, että voiko asioita tutkia jälkikäteen, kun on kysymys seksuaalirikostutkinnasta, olkoonkin sitten rikosnimike mikä hyvänsä.
In practice, processing of evidence from sexual assault kits generally requires separation of the victim's cells from the perpetrator's cells. This process involves time‐consuming, labor‐intensive steps of selective cell lysis, centrifugation, and separation into female and male cell fractions (i.e., differential extraction) which can take up to 8 h..
Here, we present a method that i) differentially isolates sperm and lyses them on‐chip, and extracts sperm DNA for downstream genetic analyses; ii) reduces the differential extraction time from 8 h to 80 min; iii)<--Tämä ei viittaa näytteen ikään minimizes the need for manual labor; iv) increases capture efficiency of immuno‐based separation of sperm assays from ≈17%21 to 70–92%; and v) keeps this high efficiency for samples older than 15 years, representing a crucial direction to reduce the evidence backlog.
Workflow of on‐chip differential extraction. i) In practice, samples are collected using a swab or cotton gauze in a forensic scene, where a mixture of semen and epithelial cells are majorly present on the victim's body and/or garments at the crime scene. ii) After collection, samples are simply introduced into the device using single‐step pipetting and incubated for an hour at room temperature. The channels are then washed and sperm cells are specifically captured, while epithelial cells are removed due to their larger size and lack of an adhesion molecule on the channel surface. iii) The captured sperm are treated with a lysis buffer on‐chip, and sperm DNA is collected into a tube for potential forensic downstream genomic analyses.Specifically, sperm without a tail were also captured with SLeX agent primarily interacting with the sperm head.We assessed the spatial distribution of sperm on‐chip by counting sperm before and after phosphate buffered saline (PBS) washing steps. In this experiment, we applied high and low sperm counts into the channels. During the imaging studies, the entire channel was divided into 30 columns (horizontal direction) by 10 rows (vertical direction). First, we evaluated ≈8000 sperm per channel (high sperm count) (Figure 3f). Before the washing step, we observed homogenous distribution of sperm in a horizontal direction, whereas higher cell numbers were counted in the middle of the channel while scanning the vertical‐axis. After the washing step, the cell count decreased in the first 5–10 lanes close to the inlet in the horizontal direction. On the other hand, the vertical distribution did not change after the washing step. In the second experimental set, we applied a lower sperm count (≈300 sperm per channel) (Figure S5, Supporting Information). Before the washing step, we observed nearly homogenous cell distribution in a horizontal direction. Through the vertical axis, we observed the same trend as with higher sperm count experiments, and the sperm cell count was higher in the middle of channel. After the washing step, the sperm count close to the inlet was altered in a horizontal direction, which was similarly observed in higher sperm count experiments. After washing, the vertical axis also had a similar distribution trend, as observed before the washing step..Forensic mock samples were collected from the Broward Sheriff's Office Forensic Laboratory. In validation studies, samples were sent to Stanford University under the approved IRB protocol. The collected samples were noncasework/mock samples, including epithelial cells and sperm. According to the guidelines of Broward Sheriff's Office Forensic Laboratory, five mock samples from 2003 to 2015 were collected with either cotton swab or cotton gauze, and directly introduced through SLeX‐decorated channels with three replicates (Figure 5d). Sperm cells were counted before and after washing steps. In the forensic mock samples, we observed a various number of sperm and epithelial cells. Sperm after washing step was counted in the microchannels, and high capture efficiencies ranging from ≈70% to ≈92% were observed for aged mock samples (Figure 5e,f). Additionally, as reported in the literature, cotton content interferes with capture performance of assays,21 and we observed similar hindrance when a large cotton swab was used. For instance, in the FMS2 and FMS5, the capture efficiency decreased to ≈82% and ≈70%, respectively. Whether a full size of cotton swab or just a portion of cotton swab was used, the capture efficiency ranged from 86% to 92% (FMS1 and FMS4). We also counted the retained epithelial cells in the channels and observed a significantly lower number of epithelial cells compared to the captured sperm count (n = 3, p < 0.05) (Figure S7, Supporting Information). As demonstrated in the spiking experiments, we also confirmed that our microchannels were able to specifically capture sperm from a heterogeneous cell population, and device performance was not significantly changed while capturing sperm from aged forensic mock samplesSampling and Counting: For spiked sperm samples, sperm were purchased from California CryoBank under an Institutional Review Board (Stanford University IRB Number: 6208, and Protocol ID: 30538). Frozen sperm vials were briefly thawed in a water‐bath set at 37 °C, and the numbers of sperm in each sample were counted using a hemocytometer. Before sampling, sperm were incubated at room temperature for 1–3 d. For sampling, 5–15 µL of sample was applied into the microchannels to ensure the channels filled with the sample. Sperm samples were incubated for an hour while the imaging was being performed within the entire microchannel using a tiling function of the light microscope with a motorized x–y stage (Zeiss, Germany) (before the washing step). The microchannels were then washed with 1xPBS for 20 min using a syringe pump with a 5 µL min−1 flow rate to remove unbound cells. The captured cells within the microchannels were counted (after the washing step). A second imaging step was performed to count the number of captured sperm on‐chip. Sperm counts before and after the washing steps were manually calculated using these microscope images. The capture efficiency rate was defined asQiagen Spin Column Protocol: All samples were processed through the spin column procedure according to the manufacturer's protocol. The samples were applied to the QIAamp Mini spin column in a 2 mL collection tube without wetting the rim. The tubes were centrifuged at 6000 × g (8000 rpm) for 1 min. The QIAamp Mini spin column was placed in a clean 2 mL collection tube and the tube containing the filtrate was discarded. 500 µL of Buffer AW1 was then added without wetting the rim. The tubes were again centrifuged at 6000 × g (8000 rpm) for 1 min. After that, the QIAamp Mini spin column was placed in a clean 2 mL collection tube, and the collection tube containing the filtrate was discarded. 500 µL of Buffer AW2 was added without wetting the rim and centrifuged at full speed (20 000 × g; 14 000 rpm) for 3 min and the old collection tube with the filtrate was discarded. The tubes were again centrifuged at full speed for 1 min. The QIAamp Mini spin column was placed in a clean 1.5 mL microcentrifuge tube and the collection tube containing the filtrate was discarded. 50 µL of Buffer AE or distilled water was added. The tubes were then incubated at room temperature for 1 min and centrifuged at 6000 × g (8000 rpm) for 1 min. This step was repeated one more time. The final solution was ≈75–100 µL for each sample.
Quantitation of Extracted DNA: DNA concentration of each sample was quantified using the Qubit Fluorometer. The manufacturer's protocol for Qubit dsDNA High Sensitivity (HS) Assay (Thermo Fisher Scientific, Waltham MA) was followed. First, the Qubit working solution was prepared by diluting the Qubit dsDNA HS Reagent 1:200 in Qubit dsDNA HS Buffer. Then, two standards were prepared by adding 10 µL of standard solution into 190 µL of working solution. After that, sample solutions were prepared by adding 2 µL of each sample into 198 µL of working solution. All samples and standards were vortexed for 2–3 s without generating any bubbles and incubated for 2 min at room temperature. On the Qubit Fluorometer, a global curve was first generatued using two standards, and DNA concentrations of each sample were then measured. The data were represented as pg µL−1.DNA
-
tahranäytteitä voidaan tutkia lähes mistä vain: tekstiileistä, esineistä, suurilta pinnoilta tai suoraan ihmisistä. Helpoin tapa näytteenottoon on pyyhkiä kohdetta kostutetulla pumpulipuikolla tai leikata kohteesta pala. DNA:ta voidaan eristää kaikista ihmisen tumallisista soluista. Yleisimpiä näytteitärikostutkinnassa ovat tahrat, jotka sisältävät verta, sylkeä, ihon ja limakalvojen epiteelisoluja sekä siemennestettä.Differentiaalieristyksessä siittiöiden ja epiteelisolujen DNA:t on kuitenkin hyvin vaikea saada eroteltua omiin, täysin puhtaisiin fraktioihinsa, joten ainoa varma tapa osoittaa näytteen
sisältäneen siemennestettä on siittiöiden toteaminen näytteestä valmistetulta preparaattilasilta mikroskopoimalla.Näytteiden esikäsittely
Yhteistä kaikkien solujen DNA:n eristyksessä onEngyodontium album-sienestä eristettävän entsyymin proteinaasi K:n käyttö. Se pilkkoo proteiineja ja keratiinia, ja auttaa DNA:n eristyksessä rikkomaan solukalvoja ja -seiniä. Soluhajotuksen eli lyysauksen lisäksi proteinaasi K hajottaa proteiinit, jotka suojaavat DNA-molekyylejä niiden ollessa kromosomeissa. Eristyksessä proteinaasi K:n käyttö myös lisää DNA-saantoa, sillä se hajottaa muitakin eristystä häiritseviä proteiineja, kuten DNA:ta hajottavia entsyymejä, nukleaaseja. [1, s. 44; 2.] Siittiöiden tumakalvot ovat niin vahvoja, ettei pelkkä proteinaasi K riitä niiden rikkomiseen. Siittiöitä lyysattaessa soluja sisältävään näytesuspensioon lisätään proteinaasi K:n lisäksi ditiotreitolia eli DTT:a, joka hajottaa siittiöiden tumakalvojen proteiinien disulfidisillat vapauttaen myöskin siittiöiden miesperäisen DNA:n liuokseen.KRP:n RTL:ssa on käytössä EZ1®DNA Investigator Kit, joka sopii muun muassa rikosnäytteiden ja henkilöllisyyden analysointiin. Se sopii
genomisen DNA:n eristämiseen erilaisista, heikoistakin näytteistä.
....
Siemennesteestä tehtiin 1:10-laimennos,siemenneste eli SP-suspensio, josta tehtiin suorasperma-eristykset Chelex-suspensiota käyttäen 5 μl:n ja 15 μl:n erille RTL:nmenetelmäohje RLAB-DNA17:n mukaan. Siittiöiden lyysauksessa käytetty DTT poistettiin Milliporen Microcon®Ultracel YM-100 -sentrifugipylväillä. Pylväät asetettiin 1,5 ml:n keräysputkiin, ja SP-näytteiden tilavuudet mitattiin pipetillä samalla,kun ne siirrettiin pylväisiin. Keräysputkien korkit suljettiin pylväiden päälle, ja yhdistelmiä sentrifugoitiin 10 min 506 g:tä vastaavalla voimalla. Sen jälkeen pylväisiin pipetoitiin 250 μl vettä, yhdistelmät suljettiin ja niitä sentrifugoitiin 10 min 506 g:tä vastaavalla voimalla. Lopuksi pylväät käännettiin ympäri puhtaaseen keräysputkeen, ja yhdistelmiä sentrifugoitiin 3 min 986 g:tä vastaavalla voimalla. Pylväät poistettiin, ja puhdistettujen, konsentroitujen näytteiden tilavuudet mitattiin pipetillä samalla, kun ne siirrettiin puhtaisiin1,5 ml:n eppendorf-putkiin. Näytteiden DNA-pitoisuudet kvantitoitiin Investigator Quantiplex Kitillä kahdella replikaatilla QIAgilitya ja RotorGene Q:ta käyttäen (toimintaperiaate kuvattu aiemmin kappaleessa 2.2.1)RTL:n menetelmäohje RLAB-DNA33:n mukaan, ja kvantitaatioarvojen perusteella voitiin selvittää laimennoksesta tehtyjen näytteiden keskimääräinen DNApitoisuus.
Seossuhteilla 2 ja 5 valmistettiin 33 näytepuikkoa ja seossuhteella 4 valmistettiin 22 näytepuikkoa, joiden annettiin kuivua useita vuorokausia ennen käsittelyä.
Hyvässä sekoitustuotteessa (liite 1) sekä mies- että naisperäisen DNA:n muodostamat alleelit ovat niin vahvoja, ettär ikosjutun tutkintaa varten rikoksen uhrista otetun vertailunäytteen avulla analysoitu tunnetunnaisen DNA-tunniste (liite 2) voidaan eliminoida tuloksesta. Tällöin jäljelle jää miehen DNA-tunnisteen (liite 3) aiheuttamat alleelit. Tällöin 14–16 hyväksyttyä aluetta määrittelee tuloksen vahvaksi, ja 11–13 määrittelee näytteen lausuntokelpoiseksi. Jos hyväksyttyjä alueita on vähemmän, voidaan analysoida tulos siten, että epäillyn DNA:n osuutta näytteessä ei voida poissulkea. DNA:n differentiaalieristyksessä mies- ja naisperäiset DNA:t on hyvin vaikea saada erotelluksi täysin omiin fraktioihinsa, joten seksuaalirikosnäytteiden tutkinnassa saadaan hyvin usein sekoitustuloksia.